Säureblocker werden erfolgreich eingesetzt gegen verschiedene Formen der gastroösophagealen Refluxkrankheit. Effektiv sind sie auch in der Behandlung von Geschwüren am Magen oder am Zwölffingerdarm. Risikopersonen bekommen Säureblocker häufig vorbeugend verschrieben – diese Praxis ist jedoch umstritten.
Bei Magen-Darm-Beschwerden, die nicht durch Säure verursacht werden, sollten Säureblocker nicht verwendet werden. Ebenfalls ist es nicht sinnvoll, Atemwegsbeschwerden damit zu behandeln, wenn kein Reflux vorhanden ist. Eine langfristige Einnahme sollte stets kritisch bewertet werden.
Säureblocker dürfen keinesfalls ohne ärztliche Rücksprache abgesetzt werden. Setzt man Säureblocker nach längerer Behandlung abrupt ab, kann es zu einem sogenannten „Reboundeffekt“ kommen, einer kurzfristig überschießenden Säureproduktion.